Высшее духовенство (епископат) лишилось автономного
существования вследствие секуляризации церковных земель (1764), дававших
архиерейским домам и монастырям возможность существования без помощи
государства и независимо от него. После реформы монашествующее духовенство
стало зависимо от финансировавшего его государства. В целом в России при Екатерине II декларировалась политика религиозной
терпимости. Так, в 1773 году издаётся закон о терпимости всех
вероисповеданий, запрещающий православному духовенству вмешиваться в дела
других конфессий; светская власть оставляет за собой право решать вопрос об
учреждении храмов любой веры.
Вступив на престол Екатерина отменила указ Петра III о секуляризации земель
у церкви. Но уже в февр. 1764 г. вновь издала указ о лишении Церкви
земельной собственности. Монастырские крестьяне числом около 2 млн чел.
обоего пола были изъяты из ведения духовенства и переданы в управление
Коллегии экономии. В ведении государства вошли вотчины церквей, монастырей
и архиереев.
В Малороссии секуляризация монастырских владений была проведена в 1786
году.
Тем самым духовенство попадало в зависимость от светской власти, так как не
могло осуществлять самостоятельную экономическую деятельность.
Екатерина добилась от правительства Речи Посполитой уравнения в правах
религиозных меньшинств — православных и протестантов.
В первые годы царствования Екатерины II прекратились преследования
старообрядцев. Продолжая политику свергнутого ею супруга Петра III,
императрица поддержала его инициативу возвращения из-за границы
старообрядцев, экономически активного населения. Им было специально
отведено место на Иргизе (современные Саратовская и Самарская области). Им
было разрешено иметь священников.
Однако уже в 1765 г. гонения возобновились. Сенат постановил, что
староверам не разрешается строить храмы, и Екатерина подтвердила это своим
указом; были снесены уже построенные храмы. Разгрому в эти годы были
подвергнуты не только храмы, но и целый город староверов и раскольников
(Ветка) в Малороссии, который после этого перестал существовать. А в 1772
г. гонениям подверглась секта скопцов в Орловской губернии. К. Валишевский
полагает, что причина сохранения гонений на староверов и раскольников, в
отличие от других религий, состояла в том, что они рассматривались не
только как религиозное, но и как социально-политическое движение. Так,
согласно распространенному среди раскольников учению, Екатерина II, наряду
с Петром I, считалась «царем-антихристом».
Свободное переселение немцев в Россию привело к существенному увеличению
числа протестантов (в основном лютеран) в России. Им также дозволялось
строить кирхи, школы, свободно совершать богослужения. В конце XVIII века
только в одном Санкт-Петербурге насчитывалось более 20 тыс. лютеран.
За иудейской религией сохранялось право на публичное отправление веры.
Религиозные дела и споры были оставлены в ведении еврейских судов. Евреи, в
зависимости от имеющегося у них капитала, причислялись к соответствующему
сословию и могли избираться в органы местного самоуправления, становиться
судьями и прочими госслужащими.
По указу Екатерины II в 1787 году в типографии Академии наук в
Санкт-Петербурге впервые в России был напечатан полный арабский текст
исламской священной книги Корана для бесплатной раздачи «киргизам». Издание
существенно отличалось от европейских прежде всего тем, что носило
мусульманский характер: текст к печати был подготовлен муллой Усманом
Ибрахимом. В Санкт-Петербурге с 1789 по 1798 год вышло 5 изданий Корана. В
1788 году был выпущен манифест, в котором императрица повелевала «учредить
в Уфе духовное собрание Магометанского закона, которое имеет в ведомстве
своем всех духовных чинов того закона, … исключая Таврической области».
Таким образом, Екатерина начала встраивать мусульманское сообщество в
систему государственного устройства империи. Мусульмане получали право
строить и восстанавливать мечети.
Буддизм также получил государственную поддержку в регионах, где он
традиционно исповедовался. В 1764 году Екатерина учредила пост Хамбо-ламы —
главы буддистов Восточной Сибири и Забайкалья. В 1766 году бурятские ламы
признали Екатерину воплощением бодхисаттвы Белой Тары за благожелательность
к буддизму и гуманное правление.
Екатерина разрешила Ордену иезуитов, который был к тому времени официально
запрещен во всех странах Европы (решениями европейских государств и буллой
папы римского), перенести свою штаб-квартиру в Россию. В дальнейшем она
покровительствовала ордену: предоставила ему возможность открыть свою новую
резиденцию в Могилеве, запретила и конфисковала все выпущенные экземпляры
«клеветнической» (по её мнению) истории ордена иезуитов, посещала их
учреждения и оказывала другие любезности.